Несмотря на важность Назарета в жизни Иисуса, он далеко не сразу превратился в место христианского паломничества. Первая церковь была, выстроена здесь, по-видимому, лишь в середине 4-го века.
Испанской паломнице сеньоре Игерии, посетившей Назарет в 383 году, показали «большую величественную пещеру, в которой жила Святая дева Мария. Здесь был установлен алтарь». Очевидно, имеется в виду большая из пещер, находящихся п гроте современной церкви Благовещения. Согласно традиции римской католической церкви, это то самое место, на котором Святой деве Марии явился Архангел Гавриил.
В 570 году над пещерой было возведено церковное здание. Однако археологические раскопки позволили обнаружить греческие мозаики более раннего периода: 4-го и 5-го веков. Одна из надписей на них гласит: «Конону, дьякону иерусалимскому».
В византийские времена паломникам показывали также пещеру с источником, из которого черпала воду Святая дева Мария (возможно, родник у подножья современной греческой ортодоксальной церкви Архангела Гавриила) и синагогу, где Иисус читал из пророка Исайи. Исторические источники описывают церкви, существовавшие во всех трех указанных местах. Очевидно, они пережили арабское завоевание, поскольку паломник Аркальф, епископ Галилейский, посетивший город в 670 году, видел здесь две «очень большие церкви». Однако ко времени появления в Святой земле крестоносцев все христианские святыни Назарета лежали в руинах.
Нормандский рыцарь Танкред, принц Галилейский, приказал немедленно приступить к возведению нового кафедрального собора над пещерой в центре города. Это была самая большая из всех церквей, возведенных крестоносцами. Английский паломник Сивульф, посетивший город в 1102 году, описывает ее как «величественный монастырь» (он также сообщает, что город окончательно разгромлен сарацинами). Кафедральный собор крестоносцев, по-видимому, пострадал от землетрясения 1170 года. Восстановительные работы так и не были закончены, поскольку вскоре крестоносцы потерпели поражение в бою при Хиттиме и были изгнаны из этих краев.
В ходе переговоров с мусульманскими правителями представители христиан добились разрешения на продолжение паломничества в святые места, в частности в Грот Благовещения. Это положение сохранялось в течение последующих ста лет, даже после того, как в 1263 году город был разграблен и все церкви разрушены по приказу мамелюкского султана Бибарса. В 1291 году, с падением Акко и окончательным изгнанием крестоносцев из всех прибрежных крепостей, доступ христиан в Святую землю сделался невозможен и, таким образом, всякое паломничество прекратилось.
Присутствие римской католической церкви в Назарете возобновилось в 1620 году, когда друзский эмир Факр а-Дин разрешил францисканцам приобрести грот и развалины собора крестоносцев. В 1730 году францисканцы добились фирмана (разрешения) от турецкого султана на постройку на этом месте новой церкви. Здание было расширено в 1877 году, а в 1955-м снесено до основания, с тем чтобы выстроить вместо него новую величественную базилику. До начала строительства Францисканским иерусалимским обществом библейских исследований (Студиум Библикум Францисканум) были проведены тщательные археологические раскопки.
Современная базилика Благовещения, спроектированная архитектором Джиованни Муцио, выстроена в двух уровнях. Верхний уровень повторяет контуры кафедрального собора крестоносцев 12-го века: неф, обрамленный двумя проходами, и частично реконструированные восточные апсиды. Нижний уровень бережно сохраняет черты византийского Грота Девы.
Базилика Благовещения, самая большая христианская церковь на Ближнем Востоке, была освящена в 1964 году папой Павлом VI во время его исторического посещения Святой земли. Первая служба состоялась 23 марта 1969 года. Вторая экуменическая служба была проведена два дня спустя с участием прелатов и священников греческой ортодоксальной, армянской, коптской, эфиопской, сирийской и лютеранской церквей.